Kofola entstand beim tschechoslowakischen Pharmaunternehmen Galena in den frühen 1960ern. Die Firma forschte damals nach einem Verwendungszweck für den Überschuss an Koffein, der bei der Kaffeeröstung entstand. Das Forschungsergebnis war Kofo, ein dunkler, süß-säuerlich schmeckender Sirup, der zum Hauptbestandteil des 1962 erstmals verkauften neuen Softdrinks Kofola werden sollte.

Während der 1960er und 1970er Jahre wurde Kofola in der kommunistischen Tschechoslowakei äußerst beliebt, stellte es doch einen Ersatz für die nicht erhältlichen Westprodukte Coca-Cola oder Pepsi-Cola dar. Nach dem Niedergang des Kommunismus 1989 war Kofola dem Wettbewerb mit den neu auf den geöffneten Markt drängenden, ausländischen Marken ausgesetzt. Dazu kamen Rechtsstreitigkeiten zwischen einheimischen Produzenten, die alle ihre eigenen „Kofolas“ herstellten. Nach Jahren des Niedergangs gelang es schließlich der im tschechischen Krnov ansässigen und im Besitz der griechischen Familie Samaras befindlichen Firma Santa nápoje, „Kofola“ als eingetragenes Warenzeichen schützen zu lassen und zum alleinigen Hersteller und Vertreiber von Kofola in Tschechien und der Slowakei zu werden.

2002 baute Santa nápoje im slowakischen Rajecká Lesná eine neue Abfüllanlage, um die Nachfrage des slowakischen Marktes befriedigen zu können, 2005 folgte eine Anlage im polnischen Kutno. Mit dieser stieg die Mitarbeiterzahl auf über 1.000. Seit 2003 heißt die Firma Kofola a.s. Neben Kofola stellt sie auch die Marken Top Topic, Jupí, Jupík und RC Cola her und exportiert sie nach Ungarn, Slowenien und Kroatien.

2002 begann eine erfolgreiche Medienkampagne, mit der man sich an eine jüngere und modernere Zielgruppe richtete. Sie gründete auf dem Slogan „Když ji miluješ, není co řešit. / Keď ju miluješ, nie je čo riešiť.“ („Wenn du sie liebst, ist alles andere egal.“). Bis 2000 zeigte das Kofola-Logo eine Kaffeebohne, heute ist es eine Kaffeeblüte. Neben Gebinden für den Endverbraucher wird Kofola in Tschechien und der Slowakei auch in 50-Liter-Fässern vertrieben, die den Bedürfnissen von Bars und Restaurants entgegenkommen, wo sie als „Točená Kofola“ („Kofola vom Fass“) amgeboten wird.

Im Juli 2008 fusionierte Kofola mit dem polnischen Unternehmen Hoop zu KofolaHoop.